Mieux connaître le Covid-19 grâce à son génome

Des étudiants de Polytech Grenoble, une des 8 écoles de Grenoble INP – UGA, ont mis au point une suite logicielle permettant de comparer certaines séquences du génome du Covid-19 avec leurs équivalents chez d’autres virus.

         Pour remplacer leur stage à l’étranger annulé pour raisons sanitaires, plusieurs étudiants de 4e année à Polytech Grenoble ont travaillé en partenariat avec l’INRAE, l’institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, de Theix (Clermont-Ferrand) pour réaliser une analyse comparée des génomes de différentes espèces de virus. Ils ont en particulier comparé le génome du Covid-19, avec ceux des virus Influenza A (grippe espagnole), VIH (Sida) et virus du rhume. « Pour être plus efficaces, on s’est focalisé sur des paramètres précis, indique Guillaume Langlois. Dans un génome viral, il y a énormément de séquences de type artéfacts, qui sont en fait des parties très anciennes et fortement répétées, que l’on retrouve dans le génome de tous les êtres vivants. Ce sont sur ces séquences codantes et régulatrices que nous avons porté nos efforts. » L’objectif de ce travail est de mieux connaître les similitudes de l’ADN du Covid-19 avec celui d’autres virus connus. Ainsi, il sera peut-être envisageable à terme de tirer parti des points faibles identifiés sur d’autres virus pour lutter contre le Covid-19.

Quelques bizarreries génomiques

L’analyse du génome du Covid-19 a révélé quelques curiosités. D’abord, il est exceptionnellement grand : il comprend 29 000 paires de bases, contre 9 000 seulement pour la grippe, ou 19 000 pour le VIH. Or plus le génome est grand, plus l’on peut s’attendre à avoir des séquences répétées, ce qui n’est pas le cas ici bien au contraire (40% au lieu de 70% en moyenne).

Enfin, les étudiants ont comparé les génomes de deux souches Covid-19, prélevées à trois semaines d’intervalle sur deux continents différents. « Nous avons dans ce cas observé 98% de similitude ce qui est énorme, car les 2% restants sont liés à la non précision des mesures, explique Xavier Pilastre. On peut donc en conclure que les deux souches ont le même génotype, et que le Covid-19 ne mute pas vite. »

Les futurs ingénieurs ont mis au point un enchainement de logiciels sous forme de site web, lequel permet de comparer automatiquement certaines séquences des génomes viraux à partir de bases de données. Cette suite logicielle sera cédée à l’INRA, en attendant d’être mise à disposition des futurs stagiaires de Polytech Grenoble.